Estratégias de Desenvolvimento e Validação de Marcadores Ssr
em Cafeeiro
Nome: JOSIMAR ALEIXO DA SILVA
Tipo: Dissertação de mestrado acadêmico
Data de publicação: 25/07/2013
Orientador:
Nome |
Papel |
|---|---|
| TAÍS CRISTINA BASTOS SOARES | Orientador |
Banca:
| Nome |
Papel |
|---|---|
| FÁBIO DEMOLINARI DE MIRANDA | Examinador Externo |
| MARCELO ANTONIO TOMAZ | Examinador Interno |
| TAÍS CRISTINA BASTOS SOARES | Orientador |
| VAGNER TEBALDI QUEIRÓZ | Examinador Externo |
Resumo: Estudos de validação de marcadores moleculares têm sido realizados em diversas culturas de interesse, o que tem proporcionado seleção indireta de genótipos,
desenvolvimento de mapas genéticos e outros, que são indispensáveis para melhoramento genético, principalmente se tratando de uma cultura perene como a do cafeeiro. O avanço da genômica tem aberto perspectivas para ampliar o número
de marcadores moleculares disponíveis para o cafeeiro, uma vez que o sequenciamento do DNA tem facilitado o desenvolvimento de marcadores derivados de ESTs (Expressed Sequence Tag) para diferentes culturas. Com o objetivo de desenvolver e validar primers SSR para o cafeeiro foram utilizados 57 genótipos do
gênero Coffea, destes 29 são da espécie C. canephora, provenientes das fazendas experimentais do INCAPER (Instituto Capixaba de Pesquisa, Assistência Técnica e Extensão Rural), e 28 de C. arabica, destes 19 provenientes do INCAPER e nove do
distrito de Celina. O desenvolvimento dos SSR foi realizado a partir de sequências ESTs do Projeto Brasileiro do Genoma Café e de sequências de DNA genômico, provenientes da base de dados do cafeeiro no NCBI. Foram desenvolvidos 61 pares de primers potencialmente amplificáveis em cafeeiro e sintetizados 49 pares de primers SSR com o auxilio de ferramentas de bioinformática por meio das estratégias: definição das condições de desenho dos primers; avaliação da especificidade dos primers; caracterização das sequências por meio da anotação
gênica teste de amplificação via PCR; e análise estatística por meio de componentes principais, porém, com as variáveis utilizadas não foi possível a definição da melhor estratégia. O trabalho para verificação da amplificação via PCR (Polymerase chain reaction) foi realizado no Laboratório de Bioquímica e Biologia Molecular do CCAUFES. Assim, foram validados 36 pares de primer SSR para o cafeeiro e analisados os parâmetros: frequências alélicas, heterozigosidade esperada (He) e observada
(Ho), coeficiente de endogamia (F) e conteúdo de informação polimórfica (PIC). Os genótipos também foram agrupados pelo método UPGMA. As análises desses marcadores mostram um polimorfismo intermediário, com exceção do primer ESTCOF-23 para os genótipos de C. arabica, que apresenta um polimorfismo
classificado como alto, além disso, os primers foram capazes de discriminar os genótipos avaliados.
